Фамилия Лопуновы образована от прозвища Лопун через стандартную для русских фамилий модель с суффиксом -ов, обозначающую принадлежность: «сын Лопуна». В основе прозвища лежит слово «лопа» — усечённая форма от «лопать». Владимир Даль в своём словаре определяет «лопать» как верхнюю одежду. Отсюда первая и самая вероятная версия: Лопунами называли людей, которые любили богато и модно одеваться, то есть зажиточных щеголей. В этом же ряду — возможное профессиональное значение: прозвище мог получить портной, мастер по пошиву верхней одежды.

Существует и альтернативное объяснение, связывающее прозвище со словом «лопань» — так в некоторых говорах называли колодец на болоте или трясине. Тогда Лопуном могли прозвать человека, занятого колодезным промыслом. Однако эта версия уступает первой по убедительности: от основы «лопань» фамилия по законам русской фонетики скорее приняла бы форму «Лопанев», а не «Лопунов».

Форма «Лопуновы» (во множественном числе) указывает на родовую принадлежность — так в документах могли записать целую семью или династию. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России, где слово «лопать» бытовало в значении одежды. Точное время возникновения фамилии назвать сложно: прозвища такого типа закреплялись в XV–XVII веках, но окончательные выводы требуют изучения конкретных архивных записей по местности проживания предков.