Фамилия Лоцманков — это отчество второго порядка, то есть она указывает на внука человека по прозвищу Лоцман. Строится она по цепочке: Лоцман → Лоцманко (сын Лоцмана) → Лоцманков (сын Лоцманко, внук Лоцмана). Суффикс -ков характерен для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -ко, которые были особенно распространены на Украине и в южных регионах России. Это одна из деталей, которая может указывать на географию происхождения рода: предки Лоцманковых могли жить в чернозёмной полосе или на Слобожанщине, где такие модели фамилий типичны.

Основа фамилии — прозвище Лоцман, которое относится к профессиональным именованиям. Слово «лоцман» заимствовано из голландского (loodsman) и означает должностное лицо, которое проводит суда в опасных и труднопроходимых районах, на подходах к портам и в пределах акваторий. Лоцман поднимался на борт вызывающего его корабля и помогал судоводителю провести судно самым безопасным путём. В России эта профессия стала востребованной при Петре I, когда появление большого флота сделало помощь лоцманов необходимой. Например, подход к Архангельскому порту был сложен из-за мелководной Двины, а на Волге и Каспийском море лоцман нередко управлял судном всё лето, фактически исполняя обязанности шкипера и отвечая за хозяйство корабля.

Таким образом, прозвище Лоцман закрепилось за конкретным человеком как наиболее употребительное именование по его ремеслу, а затем легло в основу фамилии. В отличие от более частых фамилий Лоцманов или Лоцманский, форма Лоцманков встречается реже и сохраняет отчётливый след уменьшительно-патронимической модели — она буквально отвечает на вопрос «чей внук?».