Фамилия Лотус — редкий случай в русском ономастиконе. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён, прозвищ или профессий, эта явно книжного, искусственного происхождения. Её основа — латинское название цветка «lotus», которое в европейскую культуру пришло из греческого языка. На Руси это слово долго оставалось экзотикой: лотосы не растут в средней полосе, а само растение упоминалось в ботанических описаниях и библейских текстах как символ чистоты и забвения.

Появление фамилии Лотус в России — почти наверняка заслуга духовного сословия. В семинариях XVIII–XIX веков существовала традиция заменять «мирские» фамилии учеников на благозвучные, часто на латинский или греческий манер. Священники и дьячки получали фамилии в честь церковных праздников, библейских топонимов или абстрактных добродетелей. Лотус мог дать выпускнику наставник, ценящий изящную словесность, или же сам семинарист, увлекавшийся античной мифологией — ведь лотос упоминается ещё у Гомера.

Суффикса в привычном русском смысле у фамилии нет: это чистая основа, без родового окончания -ов или -ин. Такие «голые» фамилии (вроде Крылов, Козлов — тут другое, а вот Лотус, Адонис, Розов — из той же семинарской серии) встречаются именно в среде духовенства. Формально фамилия склоняется как существительное мужского рода на твёрдый согласный, но в быту могла оставаться неизменной, если её носитель — женщина.

География фамилии крайне размыта. В дореволюционных метрических книгах Лотусы изредка всплывают в центральных губерниях — Тверской, Ярославской, Московской, где были сильны семинарские традиции. После революции, когда духовное сословие потеряло привилегии, носители фамилии разошлись по стране. Встретить её можно в любой точке, но массовой она не стала: по данным современных телефонных справочников, Лотусов в России не больше нескольких сотен.

Есть и альтернативная, гораздо более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть как прозвище. В южных говорах словом «лотус» иногда называли неуклюжего, медлительного человека — по ассоциации с лотосом, который словно застывает в воде. Однако эта гипотеза слабая: диалектное слово не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров, а значит, скорее всего, перед нами позднее народное переосмысление «цветочной» фамилии, а не её истинный корень.