Фамилия Лотос — редкий случай, когда прозвище или имя совпало с иноземным словом, но корни у неё, скорее всего, совсем не ботанические. В русской ономастике нет традиции называть людей в честь цветка лотоса: это растение южное, для крестьянского быта средней полосы — экзотика. Поэтому первая версия — фонетическая. Фамилия могла возникнуть из прозвища Лотос, которое в народе давали человеку с большой головой или лысиной: слово «лотос» в некоторых говорах искажали от «лобастый», «лобатый» или от «лот» (короткое, толстое бревно). Прозвища по внешности — один из самых частых источников русских фамилий, и здесь это объяснение логичнее, чем цветочная метафора.

Вторая версия — греческая. Через церковные книги и южные епархии в русскую среду могли попасть греческие фамилии типа Лотос, Лотас, образованные от имени Лот (библейский племянник Авраама). Греческое окончание -ос при адаптации на русской почве нередко сохранялось, особенно у духовенства или выходцев из Малороссии. Тогда Лотос — это не прозвище, а русифицированная форма греческой фамилии, означающая «потомок Лота» или «человек из рода Лота». В пользу этой версии говорит и то, что фамилия встречается не только в России, но и в Греции, и на Балканах.

Модель образования проста: фамилия бессуффиксная, то есть застывшая в форме имени или прозвища без типичных русских окончаний -ов, -ин. Такие фамилии редки и обычно указывают на позднее оформление (XVIII–XIX века) или на нерусское происхождение носителя. Если предок был священником или псаломщиком, ему могли дать «говорящую» фамилию по церковному символу (лотос — буддийский символ, но в православии он тоже встречается как аллегория чистоты), но это уже догадка.

В любом случае, носитель фамилии Лотос может с равной вероятностью оказаться потомком человека с круглой головой или выходцем из греческой диаспоры. География фамилии неширокая — единичные записи в южных областях России, на Украине и в Причерноморье.