Фамилия Лубченко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской и южнорусской традиции указывал на потомка или принадлежность к роду: «чей?» — «Лубченко», то есть сын или внук человека по прозвищу Лубок.

Основа фамилии — слово «луб», липовая кора, которая шла на изготовление самых разных бытовых вещей. Из луба драли лыко, плели лапти, корзины, лукошки, делали короба и мочала. Прозвище Лубок могли дать человеку, который работал с этим материалом: мастеру, торговавшему лубом, или тому, кто делал из него утварь. В словаре В. Даля «лубом» называли также грубую, заскорузлую кожу, но для фамилии более вероятно ремесленное или прозвищное значение, а не физический недостаток.

Встречается и другая версия: в некоторых говорах «луб» — это не только кора, но и твёрдая часть коры, идущая на кровлю или подстилку. Однако ономасиологи (например, в работах Б. Унбегауна) склонны связывать такие фамилии с конкретным занятием, а не с бытовым предметом. Так что наиболее правдоподобно, что первый Лубченко был мастером-лубоделом, корзинщиком или лыкодером — человеком, чья работа была на виду у всей округи.

Суффикс -енко характерен для Поднепровья, Левобережной Украины и прилегающих областей России. Поэтому фамилия Лубченко, скорее всего, закрепилась в среде казачества или крестьянства этих земель. В документах XVIII–XIX веков подобные прозвища часто переходили в фамилии без изменений, закрепляя за родом ремесленную или прозвищную память.