Фамилия Лубенко — типичный пример восточнославянской фамилии, образованной при помощи уменьшительно-ласкательного суффикса -енко. Этот суффикс особенно характерен для украинской ономастики: в XVI–XVII веках он означал «маленький» или «сын такого-то». То есть Лубенко — это буквально «маленький Луб» или «сын Луба».

В основе фамилии лежит прозвище Луб, которое восходит к нарицательному «луб» — внутренняя часть коры липы, а также материал, который из неё делали. Луб использовали для плетения лаптей, корзин, лукошек, а также как сырьё для мочала и кровельный материал. Поэтому прозвище Луб, скорее всего, относилось к так называемым «профессиональным» именованиям: оно указывало на ремесло. Основатель рода мог быть лубодёром (человеком, который заготавливал кору), корзинщиком или лапотником.

Менее вероятная, но существующая версия связывает прозвище с внешностью или характером: «лубом» в переносном смысле могли назвать крепкого, «дубового» человека или, наоборот, грубого и неотёсанного. Однако профессиональное происхождение выглядит убедительнее, так как на Руси и Украине ремесленники часто получали прозвища по материалу, с которым работали.

Фамилия Лубенко — украинская по форме, но встречается и на юге России, в зонах смешанного населения. Суффикс -енко со временем перестал восприниматься как указание на родство и закрепился как фамильный. Таким образом, потомок мастера по лубу со временем стал просто Лубенко, и сегодня эта фамилия уже не говорит о ремесле предков, а лишь хранит память о нём в своей основе.