Фамилия Лунаков — яркий пример того, как народная речь и церковное имя могут переплестись в одном прозвище. В основе фамилии лежит не прямое значение слова «луна», а уменьшительная форма имени Лукьян — Луня или Луна. В старину Лукьяна в быту часто называли Луней, а ласково — Лунаком или Лунашкой. От этого «домашнего» варианта и пошла фамилия Лунаков: суффикс -ов указывает на принадлежность «сын Лунака» или «из рода Лунака».

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с прозвищем Лунак, которое могли дать человеку с бледным, «лунным» лицом или светлыми волосами. В русских говорах слово «луна» имело и переносное значение — «блеск, свет», так что прозвище могло относиться к красивому, заметному человеку. Однако в ономастике первая версия — от имени Лукьян — считается более надёжной, поскольку модель «имя + уменьшительный суффикс -ак + -ов» типична для русских фамилий (ср. Монаков от Монак — Моня, Боряков от Боряк — Борис).

Фамилия встречается в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях, где имя Лукьян было распространено. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с такой фамилией, что говорит о её недворянском происхождении: Лунаковы — потомки простых людей, чьё прозвище закрепилось в официальных бумагах.

Интересно, что написание фамилии устойчиво: в отличие от «Луняков» (от Луня) или «Луначёв» (от Лунач), вариант с -ов и корнем «лун» не менялся веками. Это делает фамилию Лунаков хорошим маркером для генеалогического поиска — она почти не имеет вариантов-двойников, что упрощает работу с архивами.