Фамилия Луняков образована от мирского имени Луняк, и её происхождение стоит искать не в русской, а в коми-пермяцкой среде. Согласно наиболее убедительной версии, слово «луняк» восходит к коми-пермяцкому «лунея» — «дневной». Такое имя родители могли дать ребёнку, появившемуся на свет днём, — распространённая практика у многих народов, когда именем служило обстоятельство рождения. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Луняков буквально значит «сын Луняка».

Другие версии менее правдоподобны, но их стоит упомянуть ради полноты. В русских говорах существовал глагол «лунуть» — «стрелять», и прозвище Луняк мог получить меткий охотник. Однако эта версия слабее: глагол редкий и локальный, а имя с коми-пермяцким корнем встречается чаще. Ещё одно объяснение ведёт к слову «лунить» — «хлопать глазами», и тогда Луняком называли моргуна или рассеянного человека. Но и здесь связь с конкретным диалектом делает гипотезу слишком узкой.

Фамилия Луняков — пример того, как за привычным русским окончанием -ов скрывается финно-угорская основа. Это нередкий случай для фамилий, возникших в зоне контакта русского и коми-пермяцкого населения, особенно на севере и северо-востоке европейской части России. В отличие от фамилий на -их/-ых, характерных для северных регионов, модель на -ов здесь универсальна и не даёт точной географической привязки, но сама основа выдаёт невеликорусское происхождение.

Если сравнивать Лунякова с однокоренными фамилиями, то бросается в глаза его отличие от, скажем, фамилии Лунев. Лунь — это хищная птица, и фамилия Лунев имеет прозвищное происхождение, связанное с внешностью или повадками человека. Луняк же, скорее всего, не имеет отношения к птицам, что подтверждает версию с коми-пермяцким корнем. Таким образом, носитель фамилии Луняков может с большой вероятностью считать своими предками коми-пермяков, а не русских охотников или зевак.