Фамилия Лунякина происходит от прозвища Луняка, и у его происхождения есть несколько версий. Самая распространённая связывает основу с названием птицы «лунь» — хищника семейства ястребиных с белесоватым, светлым оперением. В народе слово «лунь» также означало «тусклый свет, блеск, белизна». Поэтому прозвище Луняка могли дать человеку с заметной внешностью: бледному, седому или, наоборот, румяному — если вспомнить польское слово łuna (зарево, румянец). Так что одна и та же основа могла описывать два противоположных цветотипа.

Есть и другая версия, связанная с глаголом «лунуть». В новгородских и сибирских говорах он означал «выстрелить, хлопнуть», а в польском lunąć — то же самое. В этом случае прозвище Луняка могло указывать на громкий, вспыльчивый нрав или на привычку действовать резко, неожиданно. Обе гипотезы имеют право на существование, но первая (через птицу и цвет) встречается в фамилиях чаще и логичнее объясняет прозвищную модель.

Фамилия Лунякин образована по типичной восточнославянской модели: к основе Луняк- добавлен суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: «чей?» — Лунякин, то есть сын или потомок Луняки. Такая форма характерна для северных и центральных областей России.

В документах начала XX века фамилия фиксируется в нескольких регионах. Например, в Белгородской области на хуторе Масловка в 1894 году родился Лунякин Антон Стефанович, служивший священником. А в Ростовской области в 1918 году — Лунякин Михаил Петрович. Эти записи показывают, что фамилия бытовала как в чернозёмной полосе, так и на юге России, среди разных сословий — от духовенства до крестьянства.