Фамилия Луняковы образована от личного имени или прозвища Луняк, которое легло в основу фамилии по стандартной для русской ономастики модели: к основе на согласный добавили суффикс принадлежности -ов. Изначально «Луняков» означало «сын Луняка» или «человек из рода Луняка».

Самая вероятная версия происхождения имени Луняк — коми-пермяцкая. Оно связано со словом «лунея», то есть «дневной». В этой традиции Луняком могли назвать младенца, родившегося днём. Такие мирские имена по времени суток встречаются у разных народов, но для коми-пермяцкой среды это особенно характерно: имя служило оберегом или просто бытовой приметой.

Другие объяснения менее убедительны. Иногда Луняка связывают с глаголом «лунуть» — «стрелять», и тогда прозвище мог получить меткий охотник. Но эта версия слабая: глагол редкий, а следов такого прозвища в исторических документах почти нет. Ещё реже упоминают связь со словом «лунить» — «хлопать глазами, таращиться». В таком случае Луняком называли бы рассеянного или подслеповатого человека, но и эта гипотеза не подкреплена источниками.

Выделяет фамилию Луняковы среди однокоренных (Лунин, Лунев, Лунякин) именно суффикс -як, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ин или -ов. В северных и уральских говорах суффикс -як нередко прикреплялся к именам и прозвищам, обозначая человека по характерному признаку. Географически фамилия чаще всего встречается в Пермском крае и Кировской области — как раз на территории исторического расселения коми-пермяков, что косвенно подтверждает первую версию.

Точное время появления фамилии установить трудно. Массовое закрепление фамилий у крестьян и горожан на Урале шло в XVIII–XIX веках, поэтому Луняковы могли оформиться именно в этот период.