Фамилия Лунегова образована от нецерковного имени Лунега. Самая вероятная версия — коми-пермяцкое происхождение: имя Лунега восходит к слову «лунея», то есть «дневной». Так могли назвать ребёнка, родившегося днём. Это объяснение выглядит правдоподобнее других, потому что мирские имена по времени рождения — распространённая модель у многих народов.

Менее убедительна гипотеза, связывающая основу с глаголом «лунуть» — «стрелять». Согласно ей, Лунега — прозвище удачливого охотника. Ещё одна версия выводит имя от глагола «лунить» — «хлопать глазами»; тогда прозвище мог получить моргун или рассеянный человек. Обе эти гипотезы слабее первой: они не объясняют суффикс -ег-, который типичен для коми-пермяцких имён, а не для русских прозвищ от глаголов.

Сама модель образования фамилии стандартна для русского Севера и Приуралья: суффикс -ов присоединили к основе на -а, и в женском роде появилось окончание -а. Потомок человека по имени Лунега со временем стал Лунеговым. Фамилия редкая, её ареал — Пермский край и соседние территории, где коми-пермяцкий субстрат дал много похожих фамилий на -егов, -огов.