Фамилия Лупахина — женская форма фамилии Лупахин, и чтобы понять её корни, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Лупаха, а оно, в свою очередь, восходит к глаголу «лупить». В русских говорах это слово имело широкий спектр значений: бить, колотить, драть (кору, лыко), а также быстро есть или пить. Соответственно, Лупахой могли прозвать человека с крутым нравом, драчуна, либо того, кто занимался заготовкой лыка или корья. Возможен и третий, менее очевидный вариант: прозвище могло закрепиться за человеком с большими, «выпученными» глазами (от диалектного «лупатый» — пучеглазый).

Модель образования фамилии — типичная для русского севера и центральных областей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын (или потомок) Лупахи». Такие фамилии в основном образовывались от основ на -а, -я, поэтому Лупахин — это «чей?» — Лупахин, то есть из рода Лупахи. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются на юге и востоке, формант -ин характерен для Поволжья, Приуралья и некоторых северных губерний, что может указывать на географические корни рода.

В ономастических справочниках фамилия Лупахин не относится к числу древних боярских или дворянских. Она бытовала преимущественно в крестьянской и мещанской среде. Стоит обратить внимание на ударение: в большинстве случаев оно падает на второй слог — Лупахин, хотя в некоторых говорах возможно ударное окончание. Это нередко приводит к путанице с фамилией Лупяхин, образованной от слова «лупя» (родственное «лупить»), но с другим оттенком — скорее «обдирала» или «обирала».

Интересно, что фамилия Лупахин (и, соответственно, Лупахина) не имеет отношения к «лупу» как увеличительному стеклу — это более позднее заимствование. Зато у неё есть любопытные однокоренные «родственники»: Лупанов, Лупачёв, Лупарев. Все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами, что говорит о самостоятельном, а не едином происхождении прозвищ в разных регионах. Таким образом, носительница фамилии Лупахина может считать своим предком либо драчуна и силача, либо мастерового, дравшего лыко на лапти, либо просто человека с выразительной внешностью — в зависимости от того, какая версия ближе к истории её семьи.