Фамилия Лупиногин — редкий образец русской фамилии, построенной по модели «глагол в повелительном наклонении + существительное». В основе лежит прозвище Лупинога, где первая часть восходит к глаголу «лупить» (бить, сечь, а также жадно есть), а вторая — к слову «нога». Такая конструкция (сравните: Держиморда, Убейворота, Вертихвост) в старину часто давалась с шутливым или ироничным оттенком.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Лупиногин, то есть сын или потомок Лупиноги. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Если бы прозвище звучало как Лупинога, то фамилия закономерно приняла форму Лупиногин, а не Лупиногов — последнее было бы возможно только от полной формы Лупиног.

Что могло означать само прозвище? Соблазнительно предположить, что Лупиногой дразнили неуклюжего человека, который «лупит ногами» — то есть тяжело топает или пинается. Однако более убедительной выглядит версия о ловком, непоседливом человеке. Глагол «лупить» в диалектах имел и значение «быстро двигаться, бежать», а в сочетании с ногами это давало образ удальца или суетливого человека — того, кто «лупит» ногами, то есть носится без устали. Подтверждение находим в исторических документах: в Угличе во второй половине XV века упоминается Борис Васильевич Нога, от которого пошёл род Ногиных. Прозвище Нога само по себе было распространено, а прибавление к нему глагольной приставки «лупи-» усиливало экспрессию.

Встречается ли фамилия в старых переписях — данных мало. Лупиногины — фамилия нечастотная, и это говорит о её позднем закреплении или узко-локальном бытовании. Возможно, она возникла в среде крестьян или посадских людей, где прозвища такого типа были особенно популярны. В дворянских родословных она не отмечена.