Фамилия Лупиногин — редкий пример русской фамилии, построенной по модели «глагол в повелительном наклонении + существительное». В основе лежит прозвище Лупинога, которое разбирается на две части: «лупи» (от глагола «лупить» — бить, сечь, а также жадно есть) и «нога». Такая словообразовательная конструкция типична для прозвищ, которые давали за манеру поведения или характерный жест: вспомним фамилии Держиморда, Сорвиголова или Убейкобыла.

Смысл прозвища неочевиден. В некоторых источниках упоминается Борис Васильевич Нога, живший в Угличе во второй половине XV века, от которого пошел род Ногиных. Но форма повелительного наклонения «лупи» вносит совсем другой оттенок: не просто «нога», а «бей ногой» или «ешь ногу». Скорее всего, прозвище носило шутливый, ироничный характер. Лупиногой могли прозвать непоседливого человека, который постоянно суетится, топает, не стоит на месте — этакого удальца или ловкача. Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с манерой быстро, жадно есть («лупить» в значении «уплетать за обе щеки»), хотя в сочетании с «ногой» эта трактовка звучит гротескно.

Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин: Лупиногин — «чей?» — «сын Лупиноги». О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и подобные прозвищные фамилии чаще всего закреплялись в крестьянской и посадской среде, где не было строгой фиксации родовых имен. Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму с окончанием -ин, а не -ов, что указывает на прямое происхождение от личного прозвища, а не от имени отца.