Фамилия Лупиногина — один из тех редких случаев, когда прозвище строится по глагольной модели в повелительном наклонении. В основе лежит конструкция «лупи ногу»: от глагола «лупить» (бить, сечь, а также жадно есть) и существительного «нога». В древнерусской традиции такие составные прозвища на -и (Держиморда, Вертишейка, Уймиболь) давали людям за характерную повадку или привычку, и Лупиногин не исключение.

Прозвище Лупиног, скорее всего, носило шутливый оттенок. Им могли наградить непоседливого, суетливого человека — этакого удальца, который всё время в движении, будто «лупит ногами» по земле. Вторая версия — прозвище относилось к ловкачу или задире, который мог «отлупить» кого-то ногой, то есть пнуть. Менее вероятна, но тоже возможна связь с переносным значением «лупить» — жадно есть: тогда Лупиногом прозвали бы торопыгу, который «лупит» (уплетает) еду, стоя на ногах.

Словообразовательная модель прозрачна: основа Лупиног- плюс суффикс -ин- указывает на принадлежность («чей?» — сын Лупинога). Фамилия закрепилась в женской форме Лупиногина, что по русской традиции означает «жена или дочь Лупинога». Родственные фамилии — Лупинов, Лупанов, Лупин — образованы от тех же корней, но без глагольной конструкции, что делает Лупиногину заметно более редкой и выразительной.

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России, где были распространены прозвища-команды. Точных данных о сословной принадлежности носителей нет, но, судя по модели образования, предки Лупиногиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище в бытовой среде, а не в боярской или дворянской.