Фамилия Лыман, скорее всего, представляет собой фонетический вариант фамилии Лиман. Эта фамилия образована от аналогичного прозвища, которое, вероятно, восходит к топониму Лиман. Такое название носят поселок Лиман в Астраханской области и украинское водохранилище Лиман в Харьковской области. Вполне вероятно, что родоначальник Лиман родился или долгое время жил в поселке или на берегу водохранилища Лиман. Сам топоним содержит указание на особенности местности («лиман» — «широкое устье реки, впадающей в море; чистое озеро, без камыша и зарослей»). Однако лиманом называется любой мелководный залив при впадении реки в море, а потому фамилию Лиман мог получить не только выходец из вышеназванных местностей, но и человек, живший некогда на берегу любого другого лимана. Так и прозвище Лиман закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Лыман. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лиман, со временем получил фамилию Лыман.