Фамилия Люпин звучит не по-русски, хотя и записана кириллицей. Это один из тех случаев, когда внешняя форма обманчива: перед нами не исконное славянское образование, а фамилия-калька или, что вероятнее, фамилия, пришедшая из польского или украинского языкового ареала.

В основе фамилии лежит латинское слово lupus — «волк». В польском и украинском языках ему соответствует слово lubin (люпин). Однако в русском языке «люпин» — это название растения из семейства бобовых (латинское Lupinus), которое также восходит к тому же корню: считалось, что люпин «пожирает» почву, отсюда и связь с волком. Таким образом, фамилия Люпин могла означать «волчонок» или «волчий», то есть быть прозвищем человека, которого сравнивали с волком — хитрого, злого или одинокого. Вторая версия, менее вероятная, — что прозвище дали по роду занятий, например, крестьянину, который сеял люпин как кормовую культуру.

Суффикс -ин указывает на модель образования, типичную для восточнославянских фамилий, но здесь он мог появиться при адаптации польской фамилии Lubin (с суффиксом -in, образующим притяжательные прилагательные) на русской почве. В украинском варианте фамилия могла звучать как Люпин або Любін — с тем же значением, но с другим ударением.

Географически фамилия Люпин встречается в западных регионах России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её польско-украинские корни. В дворянских родословных книгах она не зафиксирована — это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по яркой внешней или поведенческой черте.

Любопытно, что в русском языке фамилия Люпин рифмуется с «лупин» и «лупить», что иногда порождает шуточные ассоциации, но этимологически это случайное созвучие. Никакой связи с глаголом «лупить» (бить, сдирать кору) нет.