Фамилия Лютер не имеет отношения к русской традиции именования, а пришла из Западной Европы. Чаще всего её связывают с германским личным именем Luther, которое образовано от двух древневерхненемецких основ: liut — «люди, племя» и heri — «армия». Имя было распространено в средневековой Германии, а позже закрепилось как фамилия.

Однако есть и другие версии. По одной из них, фамилия могла возникнуть в Англии как прозвище для музыканта: от английского lutar — «игрок на лютне». Такое прозвище давали не просто ремесленнику, а человеку, чей навык игры на инструменте был заметен окружающим. Ещё одна гипотеза отталкивается от английского loutre — «выдра». В этом случае прозвище Лютер мог получить охотник на выдр или человек, чья внешность или повадки напоминали этого зверя.

Самая известная фигура с этой фамилией — Мартин Лютер (1483–1546), немецкий богослов, положивший начало Реформации. Его влияние на историю и язык было настолько велико, что в немецкоязычных землях фамилия получила дополнительную известность, хотя сам Мартин Лютер не был её родоначальником — он родился в семье с этой фамилией, которая уже существовала до него.

В России фамилия Лютер встречается редко и, скорее всего, связана с переселенцами из Германии или с людьми, получившими фамилию по имени предка-иностранца. В отличие от русских фамилий на -ов или -ин, Лютер не меняет окончания по падежам по русской модели, что сразу указывает на её нерусское происхождение.