Фамилия Мачишин — редкий пример, где суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Окончание -ин говорит о том, что перед нами «сын человека по имени или прозвищу Мачиша». Такая модель типична для северных и центральных областей России, а также для украинских и белорусских земель, где фамилии на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я.

Самая прямая версия: в основе лежит прозвище Мачиша. Оно могло возникнуть от диалектного глагола «мачить» — в некоторых говорах это значит «махать», «размахивать», а также «пачкать», «марать». Следовательно, Мачишей могли прозвать либо суетливого, порывистого человека, который часто машет руками, либо неаккуратного, неряшливого. Есть и более безобидный вариант: в украинском языке «мачати» — «окунать», «мочить», так что прозвище мог получить, например, рыбак или человек, работающий с водой.

Менее вероятно, но не исключено, что Мачиша — это фонетический вариант имени Матвей или Матфей (через формы Матя, Мача). В таком случае фамилия Мачишин означала бы «потомок Матвея». Однако против этой версии говорит то, что от Матвея чаще образовывали фамилии через суффикс -ев (Матвеев) или -ин от формы Мотя (Мотин). Форма Мачиша для канонического имени — редкость.

Географически фамилия встречается в основном на западе России и в Беларуси. Встречаются единичные носители в Смоленской, Брянской и Псковской областях — как раз в зоне смешения русских и белорусских говоров, где слово «мачити» (мочить) было в ходу. Это косвенно подтверждает прозвищное происхождение от бытового занятия или особенности поведения, а не от крестильного имени.

Стоит заметить, что фамилия очень редкая. В дореволюционных справочниках и переписях она почти не фиксируется, что говорит о её локальном характере. Скорее всего, она возникла в одной отдельной крестьянской семье в XIX веке и не успела широко разойтись — в отличие от массовых фамилий на -ов и -ев.