Фамилия Мачукова — женская форма фамилии Мачуков. Её основа, скорее всего, связана с прозвищем или именем Мачук. В русской ономастике суффикс -ук/-юк характерен для западных и южных регионов: Украины, Белоруссии, юга России. Он указывает на «малого», «сына» или «ученика» того, кто назван корнем. То есть Мачук — это «маленький Мач» или «сын Мачи».

Корень «Мач» неоднозначен. Самая простая версия — это сокращение от канонического имени Матвей (в народной форме Матюха, Матя, Мача). В таком случае Мачук — уменьшительное от Мача, а Мачуков — его потомок. Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным словом «мачок» (в некоторых говорах — стручок мака или уменьшительное от «мак»). Тогда прозвище Мачук мог получить человек, занимавшийся разведением мака или имевший к нему отношение.

Суффикс -ов в мужской форме (Мачуков) типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на согласный. Он означает принадлежность: «чей?» — Мачуков, то есть «сын Мачука». Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном человека по прозвищу Мачук, жившего в западнорусских или южнорусских землях.

Фамилия не относится к числу распространённых дворянских. Скорее всего, предки Мачуковых были крестьянами, мещанами или казаками. Встречаемость фамилии сегодня невысока, что делает её своеобразным маркером конкретного рода, не размытого массовым переселением.