Фамилия Мадарина — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий на -ин, образованных от имён или прозвищ на -а/-я (Петя — Петин, Гриша — Гришин), основа «Мадар» в русском языке не встречается ни как личное имя, ни как распространённое прозвище. Это заставляет искать корни за пределами великорусской ономастики.

Самый вероятный путь — иноязычное происхождение. Фамилия могла сложиться на Кавказе или в тюркоязычной среде. В осетинском языке, например, есть имя Мада, а суффикс -ин может быть как русским патронимическим (при адаптации фамилии к русскому документообороту), так и местным формантом. В таком случае Мадарина — это «принадлежащая Мадару» или «дочь/жена Мадара», где Мадар — личное имя или родовое прозвище. Встречается фамилия и у народов Дагестана, где суффикс -ин нередко обозначает принадлежность к роду.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с апеллятивом «мандарин» (китайский чиновник или фрукт). Однако фамилия пишется без «н», и в русской традиции прозвища от названий фруктов редки (за исключением, пожалуй, «Лимонов»), а для прозвища «чиновник» основа слишком экзотична. Скорее всего, это позднее переосмысление неясной фамилии под влиянием знакомого слова, а не её истинный источник.

Географически фамилия Мадарина сегодня встречается разрозненно, без явного «гнезда» в одном регионе России. Это подтверждает версию о её привнесённом характере: предки носителей, вероятно, переселялись с южных окраин империи, и фамилия закрепилась в новой местности уже в русифицированной форме. Сословно она могла принадлежать как крестьянам, так и казакам или горцам, принявшим православие.

Таким образом, Мадарина — это, скорее всего, фамилия-мигрант, адаптированная русским суффиксом -ин и указывающая на имя или родоначальника Мадар (Мада). Точное значение исходного слова сегодня восстановить трудно, но ясно одно: её носители ведут род из среды, где русский язык не был единственным — с Северного Кавказа или из Поволжья.