Фамилия Магалдан звучит необычно для русского уха — в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это сразу наводит на мысль, что перед нами не типичная крестьянская или дворянская фамилия центральной России, а нечто, пришедшее с востока или юга.

Скорее всего, основа фамилии — топоним Магалдан. Так называется село в Азербайджане (Губинский район) и одноимённое село в Дагестане. Житель такого села получал прозвище Магалдан, то есть «тот, кто из Магалдана». Переселенцы из Закавказья или Северного Кавказа, оказавшись в других регионах Российской империи, нередко сохраняли за собой название родного места в качестве фамилии. Суффикс -ан в основе указывает на тюркское или иранское влияние, характерное для топонимики этого региона.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с тюркским словом «магал» — область, округ. В таком случае Магалдан могло быть прозвищем человека, который управлял какой-то областью или происходил из крупного административного центра. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от административных терминов встречаются реже, чем фамилии от названий конкретных сёл.

Фамилия Магалдан — редкая. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не встречается за пределами Кавказа и Поволжья. Это говорит о том, что носители фамилии долгое время жили компактно, не рассеиваясь по всей стране. В советское время фамилия могла попасть в другие регионы вместе с миграцией сельского населения в города.

С точки зрения словообразования фамилия застыла в форме прозвища: она не получила русского патронимического суффикса, а осталась в исходном виде. Такое случается с фамилиями нерусского происхождения, которые адаптировались без переделки — их просто записывали так, как слышали. Если бы фамилия русифицировалась, она звучала бы как Магалданов или Магалданский, но этого не произошло.

Известных носителей фамилии в истории немного, и в открытых источниках данные о них отрывочны. Это подтверждает локальный характер фамилии: она не попала в дворянские родословные книги и не получила широкой известности благодаря литературе или науке.