Фамилия Магаюнов — редкая, и её разбор требует внимания к модели образования. В основе лежит имя или прозвище Магаюн, которое могло возникнуть двумя путями. Первый и наиболее вероятный: от тюркского личного имени Магай (вариант Магомет, Магомед) с добавлением уменьшительного суффикса -ун, характерного для тюркских языков (ср. Айтун, Карагун). Так Магаюн — «маленький Магай» или «Магай, которого ласково называют». Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ов, то есть «сын Магаюна».

Вторая версия, менее распространённая, но возможная: от прозвища Магаюн, связанного с диалектным словом «магай» или «мага» — в некоторых говорах так называли скупого, жадного человека. Суффикс -юн в русских прозвищах встречается редко, но фиксируется в южнорусских и украинских фамилиях (например, Харюн, Шаюн). Однако для фамилии Магаюнов тюркская основа выглядит убедительнее — и по географии, и по частоте подобных моделей.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским субстратом: Поволжье, Приуралье, юг России. Встречается в Башкортостане и Татарстане, что подтверждает связь с исламскими именами. Социальный состав носителей — в основном крестьяне и мещане, так как фамилии на -ов в этой среде закреплялись массово в XIX веке.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к кавказским языкам, несмотря на созвучие с некоторыми махачкалинскими фамилиями. В ономастических справочниках она не упоминается, что делает её интересным объектом для локальных генеалогических изысканий.