Фамилия Магилатова — женская форма, а её мужской вариант — Магилатов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Магилат. Слово «магилат» в русских говорах не зафиксировано, поэтому корни фамилии стоит искать за пределами славянской лексики. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, образованная от имени или прозвища, связанного с арабским корнем «хамд» — «хвала», «восхваление». В тюркских языках это имя могло звучать как Махмуд или Махмат, а в просторечии — Магилат. Суффикс -ов/-ев указывает на русскую модель образования фамилий: Магилатов буквально означает «сын Магилата», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с искажённым греческим именем Макарий (блаженный) или его народной формой Макалат. В этом случае переход «Макалатов» в «Магилатов» мог произойти из-за диалектного произношения или ошибки писаря при записи фамилии в документах. Такие искажения типичны для фамилий, которые фиксировали на слух в XVIII–XIX веках, особенно среди крестьян и мещан.

Фамилия редкая, её ареал, скорее всего, привязан к южным регионам России — Поволжью, Предкавказью или Оренбуржью, где исторически было сильное тюркское влияние. Носители фамилии могли быть выходцами из татарской, башкирской или казахской среды, принявшими православие и получившими фамилию по имени предка. По сословной принадлежности — чаще крестьяне или мещане, реже — купцы. О дворянском происхождении Магилатовых данных нет.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа Магилат- + суффикс -ов. Это типичная патронимическая фамилия, каких много в русском ономастиконе, но с необычной для славянского уха основой. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то к этому же ряду можно отнести Махмутов, Махматов, Махлатов — все они восходят к одному арабскому корню, но в разной фонетической обработке.