Фамилия Магилатов — редкая и неочевидная с первого взгляда. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить современное звучание и присмотреться к основе. Корень здесь не «магил» (как в слове «могила»), а тюркское слово «магыл» или «магил» — так в ряде тюркских языков называли холм, курган, бугор. В казахском, башкирском и татарском языках «магил» (мәгіл) означает «могила» или «курган», но в более архаичном значении — насыпь, возвышенность. То есть прозвище Магилат могли дать человеку, жившему у заметного холма или кургана, либо тому, кто был плотного, «бугристого» телосложения.

Суффикс -ов (в форме Магилатов) указывает на русскую патронимическую модель: «чей?» — Магилатов, то есть сын Магилата. Сама основа Магилат — это тюркское прозвище, которое при крещении или при переходе в русскую среду оформили с помощью русского суффикса принадлежности. Фамилия несёт следы межэтнических контактов: носители скорее всего происходят из регионов, где русские соседствовали с тюркскими народами — Поволжье, Урал, Западная Сибирь.

В словарях тюркских заимствований в русских фамилиях (например, у Н. А. Баскакова) встречается форма «Магилев» — от того же корня, но с другим суффиксальным оформлением. Магилатов — вариант, где к основе добавили -ат (возможно, от тюркского аффикса -ат, образующего имена), а затем русский -ов. Это редкая модель: таких фамилий, как Магилатов, в сотни раз меньше, чем однокоренных Магилов или Магилевых.

Социальная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или казачья. Фамилия не дворянская и не купеческая — её нет в родословных книгах. Встречается она в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Челябинской области, что подтверждает версию о тюркском корне и географии бытования. Носители фамилии Магилатов — потомки человека, которого в тюркской среде прозвали «холмистым» или «курганным», а при переходе в русскую культуру это прозвище закрепилось как фамилия с русским окончанием.