Фамилия Магилаева — редкий пример, где географический акцент в окончании важнее, чем сама основа. Типичный суффикс -ев указывает на русскую модель образования от отчества или прозвища, но корень «Магил-» почти не встречается в центральных великорусских говорах. Скорее всего, перед нами фамилия, сформировавшаяся на стыке тюркских и кавказских языков, где основа могла быть адаптирована славянским окончанием при записи в документах.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «магыл» или «магъыл» — в ряде тюркских языков так называли холм, курган или возвышенность. Прозвище Магилай мог получить человек, живший на холме, либо выходец из местности с таким названием. В пользу этого говорит и то, что фамилия встречается в регионах, где тюркский субстрат силён, — в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири, хотя точные статистические данные по распространению отсутствуют.

Менее вероятна, но возможна связь с арабским «магил» (магъил) — «прощающий» или «знающий». В этом случае фамилия могла быть образована от мусульманского личного имени, но для русской фамильной модели такое заимствование через суффикс -ев — редкость, обычно тюркские имена давали фамилии на -ов. Поэтому версия с прозвищем по рельефу убедительнее.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й»: Магилай → Магилаев. Фамилия не дворянская и не купеческая — в старых родословных книгах её нет. Это крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась, скорее всего, в XIX веке при массовой паспортизации. Носительница фамилии Магилаева — женщина, мужской вариант — Магилаев.