Фамилия Магилат — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В русской ономастике она стоит особняком, потому что не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский. Её основа и окончание наводят на мысль о западном, скорее всего немецком или еврейском, корне.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия образована без типичных русских суффиксов, что характерно для фамилий, принесённых в Россию переселенцами или возникших в среде иноязычного населения. Наиболее вероятная версия связывает её с немецкой фамилией Magilat, которая в свою очередь может восходить к идишскому или немецкому прозвищу. Корень «magil» в идише означает «свиток» (обычно религиозный свиток, например, свиток Эстер). Таким образом, Магилат могло быть прозвищем человека, связанного с переписыванием или хранением священных текстов — писца, переписчика. Вторая, менее распространённая гипотеза, возводит фамилию к топониму — названию населённого пункта в Восточной Европе, откуда мог происходить носитель.

В России фамилия встречается крайне редко, в основном в записях конца XIX — начала XX века. Она могла принадлежать ремесленникам или торговцам из черты оседлости, а после миграций — осесть в крупных городах. В отличие от массовых крестьянских фамилий, Магилат не даёт подсказки о сословии предка по суффиксу, но сам факт её сохранения в русской среде говорит о том, что носитель был достаточно заметной фигурой в своём окружении, чтобы прозвище закрепилось. Споров о происхождении почти нет — подавляющее большинство исследователей склоняются к немецко-еврейскому корню, связанному с письменностью или географией.