Фамилия Магилинские — редкий случай, когда географическое прозвище предка изменилось до неузнаваемости под влиянием народного произношения. Если отбросить аканье, исходная форма — Могилинские. В основе лежит название села Могилино (Русенская область, Болгария). Топоним, в свою очередь, восходит к слову «могила» — в старину так называли не захоронение, а курган, холм, насыпь. Выходит, предок Магилинских — человек, который переселился из села, стоявшего на возвышенности или у древнего кургана.

Замена «о» на «а» в корне — не ошибка, а живая фонетика: в акающих говорах (центральные и южные русские земли) безударное «о» произносили как «а». На письме это закрепилось, и фамилия получила современный вид. Суффикс -ск- указывает на типичную модель для «географических» фамилий шляхты и духовенства: Магилинский буквально значит «из Могилина». Такие фамилии часто фиксировали, когда человек переезжал и получал прозвище по покинутому месту.

О времени появления фамилии можно судить лишь приблизительно: процесс формирования фамилий на -ский у восточных славян особенно активен был в XVI–XVII веках, но в случае с выходцами из Болгарии возможны более поздние волны миграции. Точных данных о сословной принадлежности первых Магилинских нет — это могли быть как крестьяне, переселившиеся в Россию, так и мелкопоместная шляхта, чья фамилия позже «обрусела» в произношении.