Фамилия Магнитский является фонетическим вариантом фамилии Магницкий. В свою очередь, фамилия Магницкий образована от латинского нарицательного magnus, то есть «большой». Часто такую фамилию получали рослые ученики духовных семинарий и академий. По одной из версий, фамилия Магницкий ведет свое начало от русского математика и преподавателя Леонтия Филипповича Телятина. Знания этого человека в области математики произвели сильное впечатление на Петра I. В знак почтения и признания достоинств Леонтия Филипповича Петр I жаловал ему фамилию Магницкий в 1700 году. Фамилия Магнитские (Магницкие) принадлежала одному из дворянских родов, который был внесен в Дворянскую родословную книгу Казанской губернии в 1888 году. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому точно определить время и место происхождения рода Магнитских можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.