Фамилия Магнитский — это фонетический вариант фамилии Магницкий. Оба написания бытовали параллельно, но «Магнитский» закрепился под влиянием произношения, где сочетание «-ц-» звучало как «-тс-», а на письме отразилось через «т». Основа у них одна: латинское прилагательное magnus, то есть «большой».

Такие «учёные» фамилии на -ский были типичны для выпускников духовных семинарий и академий. Фамилию Магницкий часто давали рослым ученикам — по внешнему признаку. Но здесь есть и другая, более известная версия, связанная с личностью.

По преданию, фамилию Магницкий пожаловал Пётр I в 1700 году Леонтию Филипповичу Телятину — выдающемуся математику и педагогу. Царь был настолько поражён его познаниями, что велел изменить фамилию в честь «магнита» знаний, который притягивает всё лучшее. Леонтий Филиппович вошёл в историю как автор первой русской печатной энциклопедии по математике — «Арифметики» 1703 года. Эта версия не документально подтверждена, но прочно вошла в историографию и объясняет, почему фамилия воспринималась не как бытовая, а как дарованная.

Семантически корень magnus (большой) не противоречит прозвищу «магнит»: в народном сознании магнит ассоциировался с силой и притяжением, то есть с чем-то большим и мощным. Так что обе версии — семинарская и петровская — сходятся на идее выделения человека из среды.

Дворянский род Магнитских (Магницких) был внесён в Дворянскую родословную книгу Казанской губернии в 1888 году. Это говорит о том, что к концу XIX века фамилия уже прочно ассоциировалась с определённым сословием и регионом. Однако точное время и место возникновения конкретной ветви Магнитских установить сложно: процесс формирования фамилий шёл долго и не всегда фиксировался в документах.