Фамилия Магнитов — редкий случай, когда основа говорит сама за себя, но не самым очевидным образом. Вопреки первому впечатлению, предок носителя этой фамилии вряд ли имел дело с магнитами в современном физическом смысле. Скорее всего, прозвище Магнит или Магнитов дали человеку по сходству с природным магнитом — магнетитом. В народной речи магнитом называли не только камень, притягивающий железо, но и человека, который умел привлекать к себе людей, был «притягательным», липким, навязчивым или, наоборот, обладал сильным влиянием на окружающих. В этом значении прозвище могло закрепиться за бойким торговцем, зазывалой или харизматичным мастером.

Фамилия образована по стандартной русской модели: основа Магнит + патронимический суффикс -ов. Это значит, что в основе лежит не имя, а прозвище или мирское имя Магнит. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Магнита» или «из дома Магнитовых». Менее вероятная, но допустимая версия — связь с названием профессии. На Руси существовали «магнитчики» — ремесленники, работавшие с компасными стрелками или намагничивавшие инструменты, но это узкое цеховое прозвище встречалось редко. Магнитов могло закрепиться за потомками такого умельца.

Географически фамилия не привязана к одному региону. В дореволюционных источниках она встречается в купеческой и мещанской среде центральных губерний, но заметной сословной окраски не имеет. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское или церковное происхождение, Магнитов — типично «прозвищная» фамилия, каких много среди крестьян и горожан после отмены крепостного права.

В словарях Б. Унбегауна эта фамилия не упоминается как отдельная статья, но её модель полностью соответствует описанию фамилий от прозвищ, образованных от названий предметов. Сравните с фамилиями Баранов, Кирпичов, Стеклов — все они построены по одному принципу: предметный мир, перешедший в характеристику человека. Магнитов — из того же ряда, только с более редкой и яркой основой.

Если искать однокоренные фамилии, то в метрических книгах XIX века попадаются Магнитовский (с польским или украинским оттенком) и Магнитский (характерно для духовного сословия, по названию семинарий). Но Магнитов — самая прямая и прозрачная форма, без дополнительных суффиксов, что говорит о её позднем и, вероятно, бытовом происхождении.