Фамилия Макаенкова — женская форма, а мужская, Макаенков, образована не по самой частотной в русском языке модели. Вместо привычного суффикса -ов или -ин здесь мы видим -енков, и это сразу указывает на регион и социальный слой. Такая модель типична для южнорусских и украинских говоров, а также для донского казачества, где фамилии на -енко и -енков были особенно распространены. Если в центральной России сказали бы «Макаров», то на юге и востоке Украины предпочли «Макаенко», а при русификации фамилии в XIX веке к ней добавили русский суффикс -ов, получив «Макаенков».

Основа фамилии — имя или прозвище Макай, которое, скорее всего, является производной формой от канонического имени Макарий (в переводе с греческого — «блаженный», «счастливый»). В народной среде полные имена часто сокращали: Макарий превращался в Мака, Макай, Маканя. Отсюда же фамилии Макаев, Маканин, Макашин. Вариант Макаенков говорит о том, что в основе лежала форма Макай с суффиксом -енк(о), который в украинской традиции указывал на сына или потомка: Макаенко — буквально «сын Макая».

Есть и менее вероятная, но возможная версия: прозвище Макай могло быть связано с глаголом «макать» — так могли назвать человека, который что-то макал, например, хлеб в масло или свечи в воск. Однако в ономастике предпочитают объяснение от имени, так как прозвищ от глагола «макать» в старых источниках почти не встречается, а вот производные от Макария — сплошь и рядом.

Носитель фамилии Макаенков в прошлом — это, скорее всего, крестьянин или казак из южных губерний Российской империи, где фамилии в среде простого народа закреплялись позже, чем у дворян, — в основном в XVIII–XIX веках. Женская форма Макаенкова не меняется по падежам в мужском роде, но склоняется, если принадлежит женщине. Фамилия редкая, её не спутаешь с массовыми Макаровыми, и она хранит память о том, как в народе переделывали церковные имена на свой лад.