Фамилия Макеенкова — женская форма фамилии Макеенков, которая в свою очередь образована от мужского имени Макей. С этим именем связаны две основные версии происхождения. Первая: Макей — это уменьшительная форма от церковного имени Македоний, которое в переводе с греческого означает «прибывший из Македонии», то есть с Балканского полуострова. Вторая: имя Макей могло возникнуть как вариант крестильного имени Мокий (от греческого «насмешник») под влиянием акающих говоров, где «о» перешло в «а».

Интересна и словообразовательная история фамилии. В основе лежит украинская или белорусская модель фамилии на -енко, которая в русской среде со временем обросла типичным суффиксом -ов. То есть первоначальная фамилия Макеенко, означавшая «сын Макея» (или «потомок Макея»), при русификации превратилась в Макеенков. Такой переход — не редкость для фамилий, носители которых переселялись из юго-западных земель в центральную Россию. Соответственно, Макеенкова — это «жена или дочь Макеенкова».

Фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине и в Беларуси. Редкий суффикс -енков (а не более привычное -енко) сразу выдает историю миграции: предки носителя фамилии когда-то сменили украинскую или белорусскую фамильную форму на русскую, адаптировав её к местным нормам.