Основой фамилии Макеенкова послужило церковное имя Македоний иди Мокий. Фамилия Макеенкова происходит от мужского имени Макей. По одной из версий, оно является уменьшительной формой имени Македоний. Имя Македоний дословно переводится с греческого языка как «прибывший из Македонии (область на Балканах)». Согласно другой гипотезе, имя Макей - это вариант крестильного имени Мокий, появившийся под влиянием акающих говоров. Имя Мокий в переводе с греческого означает «насмешник». Со временем, вероятно, род Макеенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.