Фамилия Макеенков — редкий случай, когда суффикс сразу указывает на географию и социальный слой. Если обычные русские фамилии на -ов/-ев (Иванов, Петров) образуются от полных форм имени, то здесь мы видим суффикс -енков. Это типичный южнорусский и украинский вариант, который в центральной России чаще заменяли на -ов. Макеенков — буквально «сын Макеенка», где Макеенок — это уменьшительная форма от имени Макей.

Само имя Макей — просторечная форма канонического имени Матвей (от древнееврейского «дар Яхве»). В русских говорах имя переделали на свой лад: Матвей — Матюха — Мака — Макей. Фамилия, таким образом, означает «потомок Матвея», но через двойной «фильтр»: сначала имя сократили до Макей, а потом добавили уменьшительный суффикс -енок (как «ребёнок»), который позже застыл в фамилии.

Особенность фамилии в том, что она почти не встречается за пределами бывшей Орловской, Курской и Воронежской губерний. В XIX веке крестьяне из этих мест, носившие фамилии на -енков, массово переселялись на юг — на Кубань и в Ставрополье. Поэтому Макеенковых сегодня много в Краснодарском крае, но мало, например, в Сибири или на Севере.

В написании фамилии возможна путаница: вариант «Макеенков» с двумя «е» подряд — единственно верный. Иногда встречается ошибочное «Макеенков» с одной «е» или «Макейников» (от имени Макейник), но это уже другая фамилия. В дореволюционных метрических книгах фамилию могли записать как «Макѣенковъ» — через букву «ять», что подтверждает её южнорусское происхождение: в тех говорах «е» звучало как «ѣ».

Других версий происхождения, кроме как от имени Макей, у этой фамилии нет. Никаких «македонцев» или «маков» — корень здесь чисто антропонимический, без ремесленной или географической подоплёки.