Фамилия Макандина звучит редко и сразу обращает на себя внимание окончанием -ина. Это типичный русский суффикс принадлежности, который указывает, что в основе фамилии лежит женское имя или прозвище матери, либо фамилия образована от мужской формы Макандин через притяжательное прилагательное: «чей? — Макандина». В русской ономастике такие фамилии на -ин обычно происходят от слов, оканчивающихся на -а/-я, и здесь мы имеем дело именно с таким случаем.

Корень «Маканд-» почти наверняка не славянский. Самая вероятная версия — тюркское или кавказское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) встречается основа «макан» со значением «место», «жильё», «пристанище». Имя или прозвище Макан могло получить человек, который был пришлым, поселенцем, либо, наоборот, хозяином дома. Суффикс -дын/-дин в тюркских языках — притяжательный (как русское «-ов»), то есть Макандын буквально означает «принадлежащий Макану». Со временем при переходе в русскую среду конечный «н» мог удвоиться или измениться, а окончание адаптировалось под русское -ин, дав форму Макандин, а от неё — женский вариант Макандина.

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с топонимом. В Закавказье и на Северном Кавказе есть несколько мелких географических названий с корнем «Макан» (например, урочище Макан в Дагестане). Переселенец, выходец из такого места, мог получить прозвище Макандин («тот, кто из Макана»), которое затем закрепилось как фамилия. Эта гипотеза правдоподобна для регионов, где русское население исторически соседствовало с горскими народами.

География фамилии Макандина сегодня довольно узкая. По открытым данным, наибольшее число носителей сосредоточено в Пермском крае и на юге Урала, что косвенно поддерживает тюркскую версию: именно в этих местах проходили активные контакты русских с татарами и башкирами. Носители фамилии могли быть потомками крещёных татар или русских, получивших прозвище от соседей-тюрков.

По сословной принадлежности предки Макандиных, скорее всего, относились к государственным крестьянам или однодворцам. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от календарных имён. Фамилия не встречается среди старых московских боярских родов, её бытование — народная, крестьянская среда, где прозвище могло закрепиться за целой семьёй.