Фамилия Макарницкая — женская форма фамилии Макарницкий, и её корень уходит к крестильному имени Макарий. В переводе с греческого это имя означает «счастливый», поэтому в основе фамилии лежит пожелание или характеристика, данная предку. Модель образования здесь не самая частая: суффикс -ницк-/-ицк- характерен для фамилий, которые формировались от названий местности или от прозвищ, но в данном случае он присоединён прямо к имени Макар (народная форма канонического Макарий). Буквально Макарницкий — это «сын Макара», а сама фамилия указывает на принадлежность к роду человека по имени Макар.

Однако у этой фамилии есть и другая возможная версия происхождения — топонимическая. В польской и западнорусской традиции суффикс -ницкий/-ицкий часто указывал на владельца или жителя некоего места (например, деревни Макарницы, Макарничи). Если такой населённый пункт существовал, то Макарницкие — это те, кто оттуда родом. Спор между версиями решается в пользу первой, поскольку имя Макар было широко распространено, а конкретное село с таким названием не прослеживается в исторических документах.

Процесс закрепления фамилии Макарницкая в документах был длительным: она могла появиться и в среде крестьянства, и среди мещанства, и в шляхетских родах на землях бывшей Речи Посполитой. Точное место и время возникновения конкретной ветви рода можно установить только через глубокие генеалогические изыскания — по метрическим книгам, ревизским сказкам и исповедным ведомостям. В современной России фамилия встречается редко, что делает её особенно ценной для тех, кто носит её сегодня.