Фамилия Макарои — редкий случай, когда за основу взято не имя, не ремесло и не географическое название, а, скорее всего, прозвище, связанное с едой. Самая прямая версия: от слова «макароны». Прозвище Макарон (или Макарей) могли дать человеку, который любил макароны, торговал ими или сам был похож на них — например, был долговязым и худым. Суффикс -ой в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на украинское или южнорусское происхождение: в украинском языке прилагательные часто заканчиваются на -ий, а в русских говорах на юге — на -ой (сравните: Макарон → Макаро́й → «чей?» — Макаро́ев, но в именительном падеже закрепилась форма Макаро́и). Так что носитель фамилии с высокой вероятностью происходил из украинских или южнорусских земель, где прозвище Макарон было более распространено, чем в северных регионах.

Есть и менее очевидная версия — связь с греческим именем Макарий (от греч. makarios — «блаженный»). В некоторых говорах имя Макарий могли произносить как «Макарой», а в документах из-за ошибок писцов или местного произношения записать как «Макарои». Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ой в фамилиях от канонических имен обычно выглядит как -ов или -ин (Макаров, Макарьев), а форма на -ой характерна именно для прозвищ.

Фамилия очень редкая. В базах данных переписей и справочниках она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одном-двух сёлах. Носителей Макарои можно поискать среди потомков крестьян или мещан юга России или Украины, где прозвища на -ой были нормой. Если ваши предки жили, скажем, в Курской, Харьковской или Воронежской губерниях, версия с макаронами становится основной.