Фамилия Махлушева — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение упирается в одну неочевидную деталь: основа «Махлуш» почти не встречается в древнерусских именах или прозвищах. Это сразу подсказывает, что корни фамилии, скорее всего, не славянские, а тюркские или иранские. Наиболее вероятная версия — от мужского имени Махлуш, которое восходит к арабскому «махлус» (مخلوص) со значением «очищенный», «искренний», «преданный». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя Махлус (Махлуш) было известно, а суффикс «-ев» в фамилии — типичный русский патронимический формант, который «обрусел» при крещении или переписи населения. То есть Махлушева — это буквально «дочь (или жена) Махлуша».

Вторая, менее распространённая гипотеза — связь с диалектным словом «махлуша» (или «мохлуша»), которое в некоторых говорах означало неопрятную, неряшливую женщину. Но эта версия слабее по двум причинам: во-первых, фамилия образована с помощью суффикса «-ев», а не «-ин», который чаще бывает от женских прозвищ на «-а»; во-вторых, прозвище «Махлуша» с таким значением не зафиксировано в авторитетных словарях русских фамилий (например, у Веселовского или Никонова). К тому же, если бы основа была русской, фамилия скорее выглядела бы как Махлушин.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары, башкиры и другие тюркские народы, принимавшие православие. В метрических книгах XIX века Махлушевы встречаются в Оренбургской и Уфимской губерниях. Это косвенно подтверждает «крещёно-татарскую» версию: предок носителя фамилии мог быть выходцем из татарской или башкирской среды, получившим при крещении русскую фамилию по имени отца. Интересно, что ударение в фамилии плавающее: в одних семьях говорят Махлýшева, в других — Махлушёва, что типично для фамилий, недавно вошедших в русский быт и не «обкатанных» литературной нормой.

Единственная однокоренная фамилия, которую можно встретить в справочниках, — Махлушев (мужской вариант). Встречаемость её крайне низкая: по данным современных телефонных справочников, Махлушевых в России не более нескольких сотен человек. Это значит, что большинство носителей, вероятно, связаны отдалённым родством, и фамилия не «распылилась» по стране, а сохранилась в узком кругу потомков одного рода.