Фамилия Махлышева — женская форма фамилии Махлышев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Махлыш. Суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы) указывает на принадлежность: «Махлышев» означало «сын Махлыша» или «человек из рода Махлыша». Модель типична для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках, когда окончание -ев закреплялось за основами на мягкий согласный или шипящий.

Корень слова — «махлыш» — вызывает споры. Наиболее правдоподобная версия связывает его с диалектным глаголом «махлыжить» или «мохлыжить», который в северных и сибирских говорах означал «плутовать, обманывать, хитрить». Соответственно, Махлыш — прозвище хитрого, изворотливого человека. Не путать с «маклаком» (посредником, перекупщиком) — это другая основа, хотя смысловая близость есть. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «мохлыга» — «плут, обманщик», что подтверждает эту гипотезу.

Менее убедительна версия о связи с тюркским словом «махлы» — «смысл, значение». Фонетически переход махлы → махлыш возможен, но для русских фамилий такое заимствование нетипично: суффикс -ыш обычно присоединялся к глагольным или именным основам именно в русской среде (ср. Голыш, Малыш). Вероятнее, что перед нами исконно русское образование от глагола, а не адаптация восточного корня.

Географически фамилия Махлышев встречается редко, но прослеживается в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это косвенно подтверждает связь с северорусскими говорами, где слово «мохлыжить» было в ходу. Выходит, что предки носителей фамилии жили на северо-востоке европейской России, возможно, были вольными крестьянами или посадскими людьми, а прозвище получили за сметливость и умение вести дела.

Важная деталь: написание через «а» в первом слоге (Махлышев, а не Мохлышев) — результат «аканья», то есть произносительной нормы, при которой безударное «о» звучит как «а». В документах фамилию могли записывать по-разному: в XVII–XVIII веках писарь часто фиксировал слово на слух. Поэтому в старых метрических книгах можно встретить вариант «Мохлышев». Современное написание с «а» закрепилось как литературная норма.