Фамилия Махоня образована от ласкательного прозвища Махоня, которое восходит к слову "махонький". Так родители обычно называли новорожденного. Кроме того, прозвище Махоня мог получить и низкорослый, миниатюрный человек. По другой версии, фамилия Махоня образована от мирского имени Махон. Согласно еще одной гипотезе, фамилия Махоня могла быть связана и с глаголом «махонати», то есть «махнуть, размахнуться». В этом случае она могла указывать на особенности манеры предка, любившего размахивать руками или широко шагать.