Фамилия Махоня звучит по-домашнему, и это не случайно: скорее всего, в её основе лежит ласкательное прозвище, которое давали самому маленькому или младшему члену семьи. Исходное слово здесь — прилагательное «махонький», то есть «крошечный, миниатюрный». Так родители могли звать новорождённого, и это имя-оберег закреплялось за ним на всю жизнь. Впрочем, прозвище Махоня мог получить и взрослый человек невысокого роста, и тогда фамилия указывала бы на его внешнюю особенность.

Но есть и другие версии, и все они имеют право на существование. Одна из них возводит фамилию к мирскому имени Махон, которое в старину давали ребёнку, чтобы уберечь его от сглаза. Такие имена, образованные от слов с уменьшительным значением, были широко распространены в русской деревне и не считались обидными.

Третья гипотеза отсылает нас к глаголу «махонати» — то есть «махнуть, размахнуться». Если принять эту версию, то прозвище Махоня могло характеризовать манеру поведения предка: например, человека, который любил размахивать руками при разговоре или широко, размашисто шагать. Такую особенность окружающие могли подметить и закрепить за ним в качестве прозвища.

С точки зрения словообразования, фамилия Махоня относится к довольно редкой модели: она не получила типичного русского суффикса -ов или -ин, а осталась в форме чистого прозвища. Это говорит о том, что её могли носить в тех регионах, где фамилии закреплялись позже или под влиянием украинской и белорусской традиции, где такие формы встречаются чаще.

Сказать точно, какая из версий верна, сегодня уже невозможно. Но все они сходятся в одном: фамилия Махоня возникла как прозвище, данное по какому-то яркому, бросающемуся в глаза признаку — будь то маленький рост, ласковое обращение в семье или выразительная манера двигаться.