Фамилия Макиенкова — женская форма, а мужская, Макиенков, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от имени или прозвища с помощью суффикса -ов. Основа здесь — Макиенко, что и составляет главную особенность. Это не просто имя, а украинская или южнорусская фамилия с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках активно использовался в землях современной Украины и Белгородчины для обозначения сына или потомка: «Макиенко» буквально значило «Макиев сын» или «маленький Макий».

Корень «Макий» — это разговорная форма канонического имени Макарий (от греческого «макариос» — блаженный, счастливый). В народе имя упрощалось до Мака, Макара, а в уменьшительно-ласкательной форме — до Макия. Таким образом, предок носителя фамилии Макиенков был, скорее всего, сыном или внуком человека по имени Макий (или Макарий). В документах XVII–XVIII веков на территории Слобожанщины и Войска Донского встречаются записи о казаках и крестьянах с фамилией Макиенко, что указывает на возможное происхождение рода из этих регионов.

Интересно, что фамилия Макиенкова — редкий случай перехода украинской модели (-енко) в русскую патронимическую (-ов). Обычно фамилии на -енко оставались неизменными, но в русской среде их могли «обрусить», добавив суффикс принадлежности. Это говорит о том, что носители фамилии могли переселиться из малороссийских земель в великорусские губернии, где их фамилию адаптировали под местную традицию. Других версий, например, от прозвища «Макия» (от слова «мак»), почти нет: маловероятно, что человека назвали бы по растению в такой форме, а имя Макарий даёт чёткую и подтверждённую ономастическую линию.

В написании фамилии встречаются варианты: Макиенков, Макиенко (без наращения -ов), реже — Макиянков. Последняя форма могла возникнуть под влиянием диалектного произношения, где «и» переходит в «ы» или «я». Сословно предки Макиенковых, судя по географии, относились к казачеству или государственным крестьянам южных уездов, не к дворянству.