Фамилия Маковский — одна из тех, где за скромной основой скрывается целый пласт народных верований и обычаев. Её главная версия происхождения — от мирского имени Мак. В дохристианской традиции это имя давали с охранительной целью: родители надеялись, что природа примет ребёнка как своего, передав ему красоту и здоровье цветка. Такой обычай был распространён у многих славянских народов. Например, словаки сыпали мак в первую купель девочки, чтобы у неё было много женихов, а чехи в Сочельник кормили кур маком, веря, что те принесут столько яиц, сколько зёрен склюют. Мак использовали и в ритуальных трапезах — рождественских, поминальных, а на Украине пекли коржи с маком на Ивана Купалу и на Маккавея.

Вторая, менее растительная версия связывает фамилию с церковным праздником Спас-Маккавей, который отмечают в начале августа. От названия праздника и могла пойти фамилия, хотя эта гипотеза уступает первой по распространённости: в народной среде имя Мак встречалось чаще, чем производные от церковного календаря.

Модель образования типична для польской и западнорусской традиции: суффикс -ский указывал на принадлежность роду или местности. Первоначально Маковский — это «сын или потомок Мака». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в великорусских землях, форма на -ский чаще встречалась у шляхты и мещанства на территории современных Польши, Беларуси и Украины. Поэтому неудивительно, что в исторических документах носители фамилии фигурируют именно в западных губерниях. В Книге памяти Смоленской области записан Вацлав Витальевич Маковский (1854 года рождения, из Вильно), а в белорусских архивах — Вацлав Янович Маковский (1905 год, деревня Цервунка Венгровского повета). Есть упоминания и о Василии Демьяновиче Маковском (1911 год, деревня Дубина Новогрудской губернии Польши).

Среди известных носителей — целая художественная династия. Николай Егорович Маковский был живописцем и одним из учредителей Товарищества передвижных художественных выставок. Его сын, Сергей Константинович Маковский, известен как поэт и художественный критик, организатор выставок. В польском искусстве оставил след Тадеуш Маковский. Таким образом, фамилия Маковский не привязана к одному сословию: её носили и крестьяне из-под Воронежа, и виленские горожане, и столичная интеллигенция.