Фамилия Малахаткина — женская форма, мужской вариант — Малахаткин. Это относительно редкая фамилия, и её разговорная, почти прозвищная природа хорошо видна по словообразованию. В отличие от «стандартных» фамилий на -ов/-ев или -ин, которые часто означают «чей-то» (сын Ивана — Иванов), фамилии на -аткин встречаются реже и обычно отсылают к конкретному человеку через уменьшительно-уничижительную или ироничную форму имени.

Основа фамилии — личное имя Малахатка. В русском языке это неканоническая, народная форма имени Малахия (библейского происхождения, в переводе с древнееврейского «вестник Божий») или, что более вероятно, просторечный вариант имени Малафей. В крестьянской и мещанской среде церковные имена часто искажались до неузнаваемости: из Малахии получались Малах, Малаха, а затем и Малахатка. Суффикс -к- в данном случае — показатель уменьшительности, но с оттенком фамильярности, почти как «Малашка» или «Малахатка» (по аналогии с «Ванька», «Санька»). Фамилии на -аткин закрепились за потомками таких людей: «чей ты будешь?» — «Малахаткин», то есть сын или дочь Малахатки.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — происхождение от прозвища Малахатка, связанного с диалектным словом «малахай». В южных и сибирских говорах малахаем называли широкий кафтан без пояса или большую шапку-ушанку. Человека, который носил такую одежду или шапку, могли прозвать Малахаем, а его жену или дочь — Малахаткой. Однако такое прозвище обычно давали мужчинам, и тогда фамилия должна была звучать как Малахаев или Малахайкин. Форма Малахаткин указывает скорее на женское или уменьшительное имя в основе.

Географически фамилия тяготеет к средней полосе России и Поволжью. Встречается она нечасто, в основном в документах XIX–XX веков. Поскольку основа недвусмысленно указывает на конкретное имя, а не на занятие, носители фамилии Малахаткины — потомки человека, которого в быту звали Малахаткой. Скорее всего, это был крестьянин или мещанин, чьё имя в документах записали по-церковному, а в деревне называли по-свойски. Никакой связи с дворянством или сложной социальной историей у этой фамилии нет — перед нами чистая «уличная» ономастика, застывшая в паспорте.