Фамилия Малакотин — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа скрывает неочевидное происхождение. На первый взгляд, в ней слышится что-то «молочное»: корень «малак» напоминает «малако» — диалектное или старое произношение слова «молоко». Однако в действительности фамилия образована не от него, а от прозвища или мирского имени Малакота.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Малакотин значит «сын Малакоты» или «человек из семьи Малакоты». Само имя Малакота — скорее всего, производное от греческого имени Малахия (Μαλαχίας), которое через церковную традицию попало в русский обиход. В народной речи имя могло видоизмениться: Малахия → Малаха → Малакота. Такие переделки греческих и библейских имён в крестьянской среде — обычное дело: Малахия превращался в Малафея, Малаха, Малашу, а в южнорусских и украинских говорах — в Малакоту.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем «малак» — «мелкий скот», «овца». В этом случае Малакота могло быть прозвищем пастуха или владельца отар. Однако для центральных и северных областей России, где фамилия встречается чаще, греческая версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Малакотин редкая. Основной ареал — юг России (Курская, Воронежская, Ростовская области) и восток Украины. Там, в зоне контакта русских и украинских говоров, формы с окончанием -ота (-кота) более характерны: ср. фамилии Малаха, Малахин, Малахов. Малакотин — более редкий вариант, сохранивший полногласную форму прозвища.

Сословно носители фамилии — почти поголовно крестьяне и однодворцы. В документах XVIII–XIX веков Малакотины встречаются среди государственных крестьян Курской губернии. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Малакотин — фамилия, восходящая к церковному имени через народное переосмысление. Её носитель — потомок человека, которого в деревне звали Малакотой, то есть по-домашнему переделанным библейским именем Малахия.