Фамилия Малекула — редкая и необычная для русского уха, и её происхождение вызывает вопросы сразу. В отличие от большинства русских фамилий, она не оканчивается на -ов, -ин или -ский. Такая форма характерна для украинской или польской традиции, где фамилии часто застывали в именительном падеже единственного числа без дополнительных суффиксов. В украинском языке это могла быть фамилия Малекула, образованная напрямую от прозвища, а в польском — вариант Malekuła.

Основа — «малекула» — явно связана с латинским словом molecula («маленькая масса», частица). В русский язык это слово вошло через немецкое посредничество в XVIII–XIX веках, когда развивалась наука. Прозвище Малекула мог получить человек маленького роста, щуплого телосложения или, напротив, дотошный и въедливый, как «частица» в споре. Вполне вероятно, что носителя так дразнили в среде семинаристов или студентов — именно в учебных заведениях, где изучали естественные науки, возникали книжные и ироничные прозвища.

Стоит рассмотреть и версию, что фамилия имеет искусственное происхождение. В XIX веке в Российской империи священникам и семинаристам нередко давали фамилии по латинским или греческим корням — от названий растений, минералов или научных терминов. «Малекула» могла быть одной из таких «кабинетных» фамилий, придуманной для ученика духовного училища. Однако эта гипотеза менее вероятна: обычно подобные фамилии имели более благозвучные суффиксы (например, Малекулин или Малекуловский), а форма без суффикса скорее указывает на украинскую или польскую среду.

Встречается фамилия Малекула в основном на западе Украины и в Польше, что подтверждает её западнославянский след. Там она могла возникнуть и как прозвище от диалектного слова — например, в польских говорах «małekula» или «małekuła» могло означать «мелкий, дробный». В любом случае, перед нами фамилия, которая напрямую связана с наукой или бытовой характеристикой человека, и её редкость говорит о том, что предки были людьми с яркой внешностью или характером.