Фамилия Маликаев — редкий случай, когда прозвищная основа почти наверняка восходит к личному имени, а не к нарицательному слову из быта. В русских фамилиях на -ев/-ов, образованных от тюркских корней, часто встречается корень «Малик». В отличие от более известной фамилии Маликов, где основа — арабское имя Малик («владыка», «царь»), Маликаев несёт в себе суффикс -ай. Это характерный тюркский ласкательный или уменьшительный формант, который превращает имя в более простое, обиходное: Малик → Маликай. То есть Маликаев — буквально «сын маленького Малика» или «потомок того, кого в семье звали Маликаем».

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и Кавказу. У башкир и татар имя Малик бытовало широко, и форма с -ай — типичная для их антропонимии. У осетин, особенно дигорцев, фамилия Маликаев (Маликкаты) также встречается, но там основа могла быть переосмыслена через осетинское слово «малик» — «бык», хотя это скорее народная этимология, чем историческая правда. Вероятнее, что осетинские Маликаевы — потомки выходцев из тюркской среды, принявших осетинский язык.

Есть и менее вероятная, но любопытная версия: прозвище Маликай могло возникнуть от глагола «маликать» (в некоторых говорах — «мять», «тереть»), но для этого нет устойчивой диалектной базы, и такая гипотеза уступает имени собственной версии по простоте и распространённости модели.

Социально фамилия Маликаев не элитарна: в XIX веке её носители — крестьяне, ремесленники, мелкие торговцы, хотя среди татарских и башкирских Маликаевых могли быть и муллы, поскольку имя Малик — из исламского именослова. В советское время фамилия не получила широкой известности, но сохранилась в нескольких очагах: в Башкортостане, Татарстане, Северной Осетии и, единично, в казачьих станицах Оренбуржья.

Что важно: ударение в фамилии почти всегда падает на второй слог — Мали́каев. Это отличает её от гипотетической формы Малика́ев, которая выглядела бы искусственной. В документах встречается вариант Маликайев — с лишней буквой, но это орфографическая ошибка, не меняющая смысла.