Фамилия Мавликаева образована от мужского имени Мавликай. В основе лежит арабское имя Мавли, которое переводится как «господин» или «Аллах». К нему добавили тюркский уменьшительно-ласкательный суффикс -кай, характерный для татарской и башкирской антропонимии. Такая модель словообразования — именная основа плюс тюркский аффикс — встречается в фамилиях тюрко-мусульманских народов Поволжья и Приуралья. Родители, называя сына Мавликаем, желали ему вырасти достойным мусульманином, подчеркивая связь с высшим началом. Позже, при оформлении фамилий по русскому образцу, к основе Мавликай добавили патронимический суффикс -ев, указав на принадлежность потомков конкретному человеку. Так имя перешло в фамилию, сохранив память о семейных корнях и религиозных традициях предков.