Фамилия Маликаева — это женская форма, а мужская, Маликаев, образована по русской модели с суффиксом -ев. Такая модель типична для фамилий, возникших от тюркских или кавказских основ: суффикс присоединяли к именам или прозвищам, оканчивающимся на согласный или «й». В основе лежит имя Малика, которое восходит к арабскому «малик» — «царь, владыка, правитель». В мусульманских культурах имя Малик (и женское Малика) широко распространено, а в русской среде оно могло попасть в фамилию через отчество: сын Малика — Маликаев.

Географически фамилия Маликаев (и Маликаева) чаще всего встречается у народов Северного Кавказа — чеченцев, ингушей, осетин, а также у татар и башкир. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был мусульманином и носил личное имя Малик или Малика. В русских документах фамилия закрепилась в XIX–XX веках, когда представители этих народов получали паспорта и фамилии по отцу.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать на второй слог (Малика́ев) или на третий (Маликае́в) — это зависит от местной диалектной нормы. В чеченском языке, например, ударение часто смещается на последний слог, что отражается и в произношении фамилии. Если фамилия происходит от женского имени Малика, то это редкий случай, когда в основе лежит женское имя, а не мужское — обычно русские фамилии на -ев образуются от мужских имён.

Спорных версий у фамилии немного: иногда её связывают с тюркским словом «малык» — «скот, имущество», но это менее вероятно, так как имя Малик в исламской традиции имеет устойчивое значение «царь» и встречается в Коране. Таким образом, предки Маликаевых, вероятно, были людьми уважаемыми, возможно, старейшинами или военными, чьё имя дало начало роду.