Фамилия Мавликаевы — один из тех родовых имен, которые несут в себе следы сразу двух культурных традиций: арабской и тюркской. Её основа — мужское имя Мавликай, а в нём легко заметить составные части. Первая, Мавли, восходит к арабскому «мауля» — слово многозначное, но в именах обычно означает «господин» или служит одним из эпитетов Аллаха. Вторая часть — тюркский уменьшительно-ласкательный суффикс -кай (встречается в именах вроде Айдаркай, Курамшакай). То есть имя Мавликай можно прочитать как «маленький господин» или, в религиозном ключе, «раб Господа» — пожелание быть достойным мусульманином.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Мавликай добавили патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Так на русской почве закрепилось имя отца: Мавликаев — сын Мавликая. Суффикс указывает, что фамилия оформилась в среде, где говорили по-русски, но носители её, скорее всего, были татарами или башкирами — у этих народов арабские имена с тюркскими уменьшительными аффиксами не редкость.

География фамилии подтверждает эту версию. Мавликаевы встречаются в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — то есть в зоне традиционного расселения волго-уральских татар. Встречаются варианты написания: Мавликаев (с одним «а») и Мавликаев (с двумя — Мавликааев), но второй вариант — скорее всего, описка в документах.

Интересная деталь: имя Мавли не стоит путать с распространённым татарским именем Мавлюд (от араб. «маулюд» — рождённый). Мавли — это отдельная основа, и фамилия Мавликаевы не имеет к ней отношения. Также не стоит искать в фамилии тюркское слово «мавлы» — его в тюркских языках нет.

О точном времени возникновения фамилии судить сложно. Массово фамилии у татар и башкир закреплялись после переписи 1897 года и в советское время. Но само имя Мавликай могло бытовать и раньше. Без конкретных родословных записей можно лишь утверждать, что носитель фамилии — потомок человека, которого в быту звали Мавликаем, и этот человек, скорее всего, жил в среде волго-уральских татар или башкир.