Фамилия Мавликаев образована от арабского мужского имени Мавликай. Это имя составное: первая часть — Мавли, в переводе с арабского означающее «господин» или «Аллах». Вторая часть — тюркский уменьшительно-ласкательный суффикс -кай. Такая модель словообразования встречается в тюркских языках, где -кай придаёт имени оттенок близости или ласкательности (сравните с именами Алтынкай, Кунаккай). Скорее всего, родители, называя сына Мавликаем, хотели, чтобы он вырос достойным мусульманином, и вкладывали в имя пожелание божественного покровительства. Фамилия Мавликаев образована по русской модели: к основе Мавликай добавили типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Мавликаев). То есть первоначально это было отчество: «сын Мавликая». Со временем отчество закрепилось как фамилия. Это довольно редкая фамилия, и её география, скорее всего, связана с регионами, где исторически соседствовали исламская культура и тюркские языки — Поволжье, Приуралье или Северный Кавказ.