Фамилия Маликзатова образована от личного имени Маликзат, а оно, в свою очередь, сложено из двух арабских корней. Первая часть — «малик» (хозяин, владыка, царь, а также мыслитель), вторая — «зат» (личность, выдающийся человек). Прямое значение всего имени — «знаменитый государь» или «царственная личность». Родители, давая сыну такое имя, закладывали пожелание, чтобы он вырос влиятельным и добился высокого положения в обществе.

Фамилия построена по восточной модели: к основе Маликзат добавлен формант -ов(а), типичный для русской фамильной системы. В исходном виде имя Маликзат бытует у народов, исповедующих ислам, особенно в Средней Азии и на Кавказе. При переходе в русский обиход имя «обрусело»: суффикс -ов- указал на принадлежность («чей?» — Маликзатов), а окончание -а — на женскую форму фамилии. Мужской вариант выглядел бы как Маликзатов.

Слово «малик» встречается и в других фамилиях — Маликов, Малик, Маликбаев. Но двусоставное Маликзат встречается реже, и фамилия Маликзатова сохраняет именно эту редкую форму. Потомок человека по имени Маликзат со временем получил фамилию, которая и сегодня хранит память о высоком пожелании, вложенном в имя предка.